Spletna podjetja se razlikujejo glede na potrebe in stroške poslovanja, vendar imajo številne iste stroške kot druga podjetja. Izračun poslovnih stroškov vključuje določitev pričakovanih potrebnih pripomočkov, opreme in potrebnih stroškov izdelka. Internetna podjetja verjetno zahtevajo zanesljiv dostop do interneta, pogosto uporabo računalnika in komunikacijske storitve. Uporaba telefona, internetnih storitev in programske opreme so verjetno operativni stroški. Lastniki spletnih strani nosijo pristojbine, povezane z ustvarjanjem in vzdrževanjem spletnega mesta. Podjetja, ki prodajajo izdelek, lahko predračunajo na stroške izdelka in od kupcev lahko pobirajo prometne davke. Če je kateri koli inventar shranjen, se lahko skladiščni prostor najame podjetju za stroške. Mnogi od teh izdatkov so upravičeni do odbitka davka od podjetja ali se lahko amortizirajo v prihodnjih davčnih napovedih.
Podjetniki morajo oceniti približne stroške kot del poslovnega načrta. Davki so skupni stroški večine podjetij in za mala podjetja je na voljo veliko možnosti za zmanjšanje davčne obveznosti. V prvem letu lahko odštejemo kar 5000 USD zagonskih stroškov. Na primer lahko odštejemo honorarje za svetovanje, strokovno pomoč in oglaševanje. Drugi odhodki, kot so stroški nepremičnin in vozil, se lahko amortizirajo v dobi koristnosti sredstva. Amortiziranih sredstev ni mogoče odšteti. Amortizacija na splošno velja za kapitalske odhodke.
Tekoči stroški lahko vključujejo gospodarske javne službe, kapitalske odhodke in plače zaposlenih. Plače so lahko velik strošek za spletna podjetja. Lastniki malih podjetij bi morali spremljati tekoče stroške in iskati stroške, ki jih bodo zmanjšali. Lastniki podjetij bi morali poiskati nasvet vrstnikov za razvoj realnih ciljev in načrtovanih stroškov kot dela formalnega poslovnega načrta.
